Η έλλειψη της βιταμίνης Β12 μπορεί να είναι η αιτία αναιμίας, απογευματινής κούρασης, αδυναμίας συγκέντρωσης και προσοχής, φτωχής μνήμης, παρατεταμένης διάθεσης για κλάμα και ευερεθιστότητας, σύγχυσης, αισθήματος παλμών, διάρροιας, αιμωδίας άκρων και μιας γενικότερης κακής διάθεσης. Καθώς η Β12 παίζει ζωτικό ρόλο για το νευρικό σύστημα, η απουσία της μπορεί να προκαλέσει προβλήματα με τις νευρικές απολήξεις, κυρίως στα περιφερικά νεύρα. Με τον καιρό, οι βλάβες στα περιφερικά νεύρα μπορεί να οδηγήσουν σε δυσκολία στην κίνηση, μούδιασμα και μυϊκή αδυναμία. Συμπτώματα της ανεπάρκειας βιταμίνης Β12 συχνά εμφανίζονται με τη μορφή νευρολογικών συμπτωμάτων πολύ πριν την εμφάνιση των τυπικών αιματολογικών διαταραχών. Περίπου το ένα τρίτο των ατόμων που πάσχουν από έλλειψη φυλλικού οξέος ή βιταμίνης Β12, έχει αναιμία. Παρόμοια αναλογία αφορά και μια σειρά νευροψυχιατρικών συμπτωμάτων.
Περισσότερο από το ένα τρίτο των ψυχιατρικών περιστατικών έχει βρεθεί ότι υποφέρουν από ελλείψεις σε φυλλικό οξύ ή βιταμίνη Β12. Η έλλειψη της βιταμίνης Β12 αυξάνεται όσο μεγαλώνει ένα άτομο.